农业税于2006年1月1日起取消。第十届全国人民代表大会常务委员会第十九次会议决定：第一届全国人民代表大会常务委员会第九十六次会议于1958年6月3日通过的《中华人民共和国农业税条例》自2006年1月1日起废止。
为什么要取消农业税?
农业税负担全面提升：税费改革后，农业税较之税费改革前的农业税负担普遍增加。改革前的农业税负担是1958年核定的，全国为15.5%，但这是名义税率，经过近50年的变化，随着土地面积的扩大，单位产量的增加，实际税率只有3%左右，上世纪70年代和80年代一直维持在这个负担水平。那时，除农业税外，基本没有税外收费，也不征特产税。现在提高到8.4%(含农业税附加)，还要征特产税，实际负担率明显高于20年前。这本身就是“黄宗羲定律”的体现。
农民负担有违公平公正：城市和农村、工商业和农业、市民和农民两大领域、产业和职业，只是分工的不同。但我国在城乡分割制度下，由于历史和体制的原因，对农村和城市采取了不同的财税制度：
(1)对农民个人所得征税不存在免征额，而对其他公民个人所得则有800元的免征额;
(2)在农村征收产业税(如农业税和农林特产税)，而在城市则不对产业征税(如没有工业税和商业税等);
(3)税费改革后的农业税，比城市工商税收中的流转税税负要重。首先，从税率来看，增值税中小规模纳税人的征税率为4.6%，营业税税率一般为3.5%，普遍比农业税税率低3.4个百分点，平均低一倍。其次，还要考虑两个因素：第一，从税负归属来看，城市工商税是可以转嫁的，由消费者负担;农业税是不可转嫁的，纳税人就是负税人。第二，从经营成本来看，农民种粮除去种子、农药、化肥、用工等成本后，基本无盈利，时有亏损。而城市工商业者决不会保本经营，更不会亏损经营。由此说明我国农民对政府的要求并不高，但是从经济学的角度看，这是不公平的，从政治学的角度看，也是不公正的。
(4)我国大部分年份将80%以上财政支出用在只占总人口不到40%的城市，而占总人口的60%以上的农村只能获得不到20%的财政支出。这种城乡不统一的财税制度，拉大了城乡差距。因此，要想统筹城乡发展，就必须建立城乡统一的财税制度，如统一城乡税制，统一城乡居民的非税负担，使城乡的财政支出与其人口比例大致相适应等。
农业税征收成本有违效率：
征收成本过高。由于我国农村地域广阔，人口众多，单位税额又少，农民的主动纳税意识差，税务人员不得不走村串户上门征收。农业税季节性强，一到农产品收获季节，要面对成千上万家农户，农业税的征税人员就显得严重不足。但是从效率上讲，我国农税干部人均征收额太低。例如，安徽省现有3万多个行政村，以每个村1名农税人员计，就有3万多名，而全省的农业税不到40亿元，每名农税人员仅10万余元，远远低于全国70多万元的平均总水平，我国的税收成本总水平又远远高于世界水平，是美国的10倍。再如，有的农户欠几十元税款，乡财政所开车几十公里来回跑几趟还找不着户主，收来的钱若用来补偿汽油费还不够。有的乡财政所平均每人每年仅收2-3万元农业税，除去自身工资、住房、办公经费外，所剩无几。目前农业税是我国征收成本最高的一种税。
农民以债抵税，农业税征收难。以前乡村集体向农民借款、集资，垫付税费，现在这些农民要求以债抵税，在他们看来合情合理，村干部和税务干部虽然知道不规范，许多时候也没有办法。征收手段落后。农产品的收购，交易都是现款现货，不通过银行转账，除了在收购时可以代扣代缴外，只能采取最原始的办法上门征收。征管无法可依。现行的税收征管法明确说明农业税的征管不在此法规范之列，至今仍无农业税的征收管理条例，对偷税、漏税、抗税也无处罚措施，即使按现行的税收征管法对违章者进行处罚，最快也要72天才能开始有效执行。
农业税无益国际竞争：发达国家(例如，美国、日本、欧盟等)为了提高本国农产品在国际市场上的竞争能力，对农产品的生产环节不仅不征税，还按世贸组织的《农业协议》中的“绿箱”政策或“蓝箱”政策和规则，对农民实行各种各样的直接补贴。我国由于受农业劳动生产率低和水源及土地资源少等因素的制约，我国的农产品本来就在国际市场上处于劣势，如果再征农业税，就等于自己抬高农产品价格，必然削弱农产品在国际市场上的竞争力。这正好为国际市场上低价农产品进入我国市场打开了方便之门。在加入WTO的谈判桌上，我们曾千方百计争取政府对农业更多的保护空间，可是我们自己又在向农民收取大量税费。
免征农业税的可行性：目前，我国农业税收每年仅300多亿元至400多亿元。就算税费改革完成后，最多也只可能收到500多亿元至600亿元，2003年全国财政收入已达到20000多亿元，几百亿和两万多亿比较，实在是微不足道，政府完全有能力通过转移支付补上这几百亿元。我国江苏、浙江、上海、厦门、甘肃、北京等地部分农村已相继做出免征或缓征农业税的决定，受到农民的普遍欢迎。取消农业税，是指免去按常产向每个农民在生产环节征收的农业税。取消农业税的基本思路是，在农业生产环节一律免征，只对进入流通和消费环节的农产品征税，也就是说农产品不上市不征税。对上市的农产品征什么税，是征农产品税，征营业税，还是增值税，这是另一个大课题，有待进一步探讨和研究。
取消农业税，是完成农村税收制度改革的一大飞跃，是一项具有划时代意义的改革，可以说是一场继土地改革和家庭联产承包责任制之后的第三次真正意义上的伟大革命，它标志着我国结束了几千年按田亩、产量、人丁向农民征收农业税的历史。必将极大地调动农民从事农业生产的积极性，极大地解放和发展农业劳动生产力，极大地促进农村经济的发展。农业税免征，也标志着我国农业在发展阶段上完成了一大转折。
